“雖然有神舟五號成功的基礎，但對著陸場系統來說，神舟六號任務是一次全新的挑戰。”載人航天工程著陸場系統總指揮隋起勝在接受記者采訪時說，神舟六號任務性質的變化對著陸場系統提出了許多新的要求。
“飛船在軌飛行時間由1天變為多天，使得著陸場系統必須全面啟用副著陸場�！彼迤饎僬f。由于目前技術條件的限制，還無法對長期的氣象變化進行精確預報，這就使得在選擇飛船“發射窗口”時，無法完全保證主著陸場的氣象條件適合降落。位于內蒙古中部草原四子王旗的主著陸場和位于酒泉附近的副著陸場相隔1000多公里，可以起到氣象備份的作用。
神舟六號飛船搭載的航天員由1人變為2人，使得主、副著陸場和應急救生區的裝備和人員都要相應增加，以確保航天員的安全。以主著陸場為例，執行任務的直升機由5架增加到了6架，而且將以前配置在車輛上的醫監醫保設備調整到直升機上，保證空中搜索救援分隊可以獨立完成航天員的醫監醫保任務。
由于航天員的活動范圍從一個艙變為兩個艙，還要進行多項空間科學實驗，使得飛船應急返回的幾率增大，著陸場系統必須全方位做好飛船應急返回的準備。隋起勝說，無論飛船是在上升段、在軌飛行段還是返回段應急返回，著陸場系統均做好了充分的準備，主、副著陸場、國內4個陸上搜救點、3個海上濺落區、3個應急著陸區以及10余個國外應急著陸區均配備了必要的人員和裝備，制定了相應的預案。
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